Una "cura" para los mutantes amenaza con alterar el curso de la historia. Por primera vez pueden elegir: seguir con su singularidad, con sus poderes sobrehumanos aunque eso les aísle y les separe, o renunciar a ellos y convertirse en seres humanos normales. Los opuestos puntos de vista de los líderes mutantes, Charles Xavier (Patrick Stewart), que aboga por la tolerancia, y Magneto (Ian McKellen), que cree en la supervivencia de los más aptos, se ven sometidos a la prueba definitiva: desencadenar la guerra que pondrá fin a todas las guerras.