"El buen alemán" está situada en las ruinas del Berlín de la posguerra de la Segunda Guerra Mundial. Allí, el corresponsal de guerra del ejército de los EE.UU. Jake Geismar (George Clooney) se verá involucrado con Lena Brandt (Cate Blanchett), una antigua amante cuyo marido desaparecido es el objeto de búsqueda por parte del ejército americano y también del ruso. La intriga aumenta a medida que Jake intenta descubrir los secretos que esconde Lena en su desesperado intento de salir con su marido de Berlín. Tully (Tobey Maguire), el chofer de Jake, tiene contactos en el mercado negro que pueden ayudar a Lena a salir, o llevarles a todos a un territorio todavía más oscuro.