Phineas y Ferb descubren que su mascota, Perry el ornitorrinco, es un agente secreto que lucha contra las fuerzas del mal casi todos los días. Con la ayuda de sus amigos, el equipo de los chicos con Perry atravesarán una aventura a través de un universo paralelo en el que, a última instancia, donde deben evitar los planes malvados de Dr. Doofenshmirtz.