Encuadrada dentro de la linea de novelas gráficas de Marvel, Namor: En las Profundidades hace un acercamiento al Rey de Atlantis realista y maduro, totalmente alejado de su versión superheroica. Basta con decir que Namor es el protagonista ausente de esta historia, ya que sólo aparece de forma testimonal y lo hace en momentos muy puntuales.

La trama se sitúa en la Guerra Fría, cuando a un prestigioso investigador le asignan la misión de encontrar el oculto reino de Atlantis. Este acérrimo defensor de la ciencia argumenta que dicho lugar no es más que una fantasía y que la razón acabará imponiéndose sobre la imaginacion. A medida que pasan los días y su submarino se adentra más en las profundidades del océano, la tripulación será devolrada por la locura y las pesadillas, al mismo tiempo que la sombra de Namor se irá haciendo más grande y tangible, hasta el punto de demostrar que la realidad supera a la ficcion.