Controlando a Samus una vez más, tendremos que viajar hasta la lejana galaxia Tetra, donde reposan los restos de una antigua y avanzada civilización alimbica.
Su tecnología y el poder que encierra para quien logre encontrar todos los artefactos ha servido como imán para que todos los caza-recompensas de la galaxia viajen hasta allí. Un extraño mensaje telepático ha sido la causa del despertar de este universo ya olvidado, pero los alímbicos dejaron muy bien protegidas todas sus fuentes de poder.

Varios inhóspitos planetas repletos de trampas y enemigos nos esperan para lograr hacernos con todos los artefactos. Al poco tiempo de llegar nos daremos cuenta de que no solo tendremos que luchar contra las creaciones alimbicas. Poderosos caza-recompensas acudirán con la intención de eliminarnos, lo que supondrá ocasionales y duros combates donde demostrar toda nuestra habilidad con el stylus y las armas de fuego.

Hunters contiene parte de esa mezcla que todo buen Metroid debe tener, intensos momentos de acción con tiroteos, explosiones y sobre todo la exploración donde realmente sentirse perdido y solo en un planeta extraño. Al contrario que en los títulos de Gamecube, solo tenemos dos tipos de visor, el normal y el de escáner. Gracias a este último poco a poco nos enteraremos de interesantes detalles sobre la extinta civilización que vivía en este sistema, sus motivaciones y porque dejaron tan protegidos sus lugares sagrados.

Uno de los detalles más entretenidos de las últimas entregas para GC, como fue escanear la fauna o a los enemigos también está presente, convirtiéndose en todo un reto para los que quieren acabar el juego al cien por cien sin dejarse nada sin examinar.